Theo kết quả thanh tra, từ cuối năm 2003 đến cuối năm 2005 có 91 người mắc H5N1 ở 32 tỉnh thành, nhưng năm 2006 Bộ Y tế đã đề xuất phải dự trữ 30 triệu viên Tamiflu, tương đương 3 triệu liều đủ điều trị cho 3 triệu người. Việc dự báo thiếu thực tế khiến VN bị động, không mua được nguyên liệu thuốc từ hãng Roche. Trong khi Roche thông báo sẽ bán nguyên liệu cho VN vào tháng 8.2006, với giá ưu đãi, hạn dùng 10 năm, nhưng VN lại đặt kế hoạch sản xuất thuốc trước tháng 6.2006 nên đã mua nguyên liệu của Ấn Độ, hạn dùng chỉ 3 năm.

Cũng theo kết quả thanh tra, hội đồng thẩm định các cơ sở sản xuất thuốc đã không thực hiện đúng nhiệm vụ được giao theo quyết định 01/QĐ-BYT ngày 17/11/2005 của Bộ Y tế, thể hiện ở biên bản làm việc của hội đồng thẩm định với các công ty không có chữ ký của đại diện công ty được thẩm định, biên bản không có nội dung thương thảo về giá.
Thuốc Tamiflu.

Trong khi chưa có báo cáo gửi Bộ trưởng, Hội đồng thẩm định đã gửi đơn đặt hàng cho 4 công ty. Việc đặt hàng cho 4 công ty gồm Cty dược vật tư y tế Phú Yên; Cty Imexpharm, Cty cổ phần dược phẩm (CPDL) Cửu Long; Cty Stada VN thực hiện sai quy định tại điều 1, quyết định 1259 QĐ-TTG ngày 24.11.2005 của Thủ tướng về kế hoạch dự trữ tamiflu và sản xuất thuốc có hoạt chất Oseltamivir theo quy định hiện hành của Chính phủ về quy chế đấu thầu.

Bộ Y tế đã giải trình việc tự sản xuất thuốc là kế hoạch không thể đặt vấn đề đấu thầu công khai, tuy nhiên theo quy định trong thông tư 121/2000 của Bộ Tài chính, trường hợp gói thầu trị giá 1 tỷ đồng trở lên, nếu thấy cần thiết chỉ định thầu phải có văn bản gửi Bộ Tài chính thẩm định, báo cáo Chính phủ xem xét quyết định. Nhưng Bộ Y tế không có văn bản gửi Bộ Tài chính như quy định.

Quá trình thanh tra cũng cho thấy, sau khi mua nguyên liệu giá 17.500-18.000 USD/kg, 4 Cty đã nhận lại từ nhà cung cấp hơn 6 triệu USD, trong đó Cty CPDL Cửu Long nhận lại 3,8 triệu USD từ nhà cung cấp và để ngoài báo cáo tài chính. Thanh tra chính phủ cho biết sẽ chuyển cơ quan điều tra xem xét tiếp nội dung này, đồng thời điều tra thêm về giá mua nguyên liệu của 4 Cty.
Hiện tại, số thuốc đã sản xuất là gần 20 triệu viên, trong đó có 10 triệu viên đã hết hạn từ tháng 3.2009, Bộ Y tế cũng đã quyết toán và thanh toán cho 4 Cty 562 tỷ đồng.

Thanh tra chính phủ cho biết, các khuyết điểm kể trên thuộc trách nhiệm chỉ đạo, lãnh đạo của Bộ trưởng Bộ Y tế, Cục trưởng Cục Quản lý dược, Vụ Kế hoạch tài chính. Các vụ Khoa học đào tạo, Viện Kiểm nghiệm có trách nhiệm trong việc chậm ban hành hướng dẫn thử lâm sàng và thử tương đương sinh học.

Trong 4 Cty tham gia đóng thuốc viên, Cty CPDP Cửu Long vi phạm Luật kế toán; 3 Cty còn lại có khuyết điểm trong việc không báo cáo Bộ Y tế, Bộ Tài chính khoản tiền được nhận lại. Thanh tra đề xuất Bộ Y tế kiểm điểm trách nhiệm, xử lý theo thẩm quyền những tập thể, cá nhân có khuyết điểm, khẩn trương tổ chức thử an toàn và tương đương sinh học với sản phẩm, xử lý số thuốc hết hạn theo quy định.